Los estudiantes de medicina UFM llevan a cabo sus prácticas clínicas de cuarto a sexto año en los siguientes centros  hospitalarios: 

• Hospital del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social (IGSS)
• Centro de Salud Bárbara en San Juan Sacatepéquez: Centro Materno Infantil de Medicina Integral y Medicina Ambulatoria.
• Clínicas UFM
• Sanatorio Nuestra Señora del Pilar 
• Unidad Nacional de Oncología Pediátrica
• Asociación Obras Sociales del Hermano Pedro en Antigua Guatemala
• Hospital Universitario Esperanza